Nisibe était en grande faveur auprès de l'empereur Péroz Ier et il le persuada de l'intérêt qu'il n'y eût en Perse que des chrétiens d'obédience différente de celles de l'Empire romain.

Édesse une école dans laquelle étaient enseignées les œuvres de Théodore de Mopsueste, Diodore de Tarse et Théodoret de Cyr. Nestorius y était lu et étudié. Même avant la destruction de cette école en 489, des étudiants se dispersèrent dans la Perse voisine.
L'Église de Perse ou Église de l'Orient rompit tout lien avec l'Église d'Antioche lors du concile de Séleucie en 410. Il leur était en effet important de pouvoir ne pas être considérées comme des suppôts de l'Empire romain, principal adversaire de l'Empire perse sassanide. Le chef de l'Église de l'Orient était l'évêque de Ctésiphon, qui avait pris le titre de catholicos.
Au moment de l'arrivée des enseignants nestoriens venus d'Édesse, l'évêque de Ctésiphon était Babaeus (ou Babowaï, 457-484), qui semble les avoir reçus à bras ouverts. Cependant Barsauma, devenu évêque de Nisibe, la grande ville la plus proche d'Édesse, rompit avec le faible catholicos qu'il fit déposer lors d'un synode tenu en avril 484. La même année, Babowaï fut accusé devant l'empereur de conspiration avec Constantinople et mis à mort, pour un motif politique. L'évêque de Nisibe était en grande faveur auprès de l'empereur Péroz Ier et il le persuada de l'intérêt qu'il n'y eût en Perse que des chrétiens d'obédience différente de celles de l'Empire romain.
Péroz mourut peu de temps après la mort de Babowaï et l'évêque de Nisibe eut beaucoup moins d'influence auprès de son successeur, Valash. Bien que Barsauma s'opposât tout d'abord au catholicos Acacius en août 485, il le rencontra et finit par se soumettre, reconnaissant la nécessité de la primauté de Ctésiphon. Il ouvrit une école à Nisibe qui devint encore plus fameuse que celle d'Édesse. Son recteur était Narsaï le Lépreux, écrivain très prolifique dont peu d'œuvres ont survécu. Ses règles sont encore conservées, et elle attira jusqu'à huit cents étudiants. La renommée de cet établissement théologique était telle que le pape Agapet Ier et Cassiodore voulurent fonder l'équivalent en Italie. Ceci ne put se réaliser du fait des troubles politiques de l'époque, mais le monastère fondé par Cassiodore à Vivarium s'inspira de l'exemple de Nisibe. Barsauma mourut entre 492 et 495, puis Acacius en 496 ou 497. Narsaï est sans doute mort plus tard. Il faut souligner qu'au concile de Beth Lapat, en 484, Barsauma imposa Théodore de Mopsueste comme théologien de référence de l'Église de l'Orient, et non pas Nestorius, qui ne fut reconnu comme docteur qu'au viie siècle et eut toujours une importance bien moindre.